Znaleziska
ceramiki poświadczają istnienie otwartej osady na terenie obecnego
Smęgorzyna już we wczesnym średniowieczu. Nie oznacza to jednak, że
ludzie nie mieszkali tu o wiele wcześniej. Pierwsza wzmianka na temat
wsi pochodzi z 1394 roku (Smangorsin). Używane były również nazwy Smengorschin, Smogorzyno, Smangrzin.
W XVI wieku znany jest niejaki Piotr Pekunt ze Smęgorzyna, wymieniany
na gdańskich tablicach woskowych. W 1570 Smęgorzyno było wsią szlachecką
w posiadaniu Grzegorza Smengorzyńskiego i Krzysztofa Borkowskiego. W
późniejszych czasach właścicielami wsi byli często panowie pobliskiego
Kiełpina Górnego, którzy czerpali ze wsi dochody. W XVIII wieku przy
trakcie do Kartuz istniała należąca do Smęgorzyna karczma o nazwie Poggen Krug
(Żabia Karczma). Została zapewne zniszczona w czasie wojen
napoleońskich. W tych czasach Smęgorzyno należało do Michała
Pastoriusza, starosty w Stolzenbergu pod Gdańskiem (obecnie Chełm). W
1885 roku było tu 10 domów i 109 mieszkańców (97 katolików i 12
ewangelików). Dużą częścią dochodów mieszkańców była hodowla inwentarza
żywego. Pod koniec XIX wieku wybudowano stojący do dnia dzisiejszego
dworek. Po pierwszej wojnie światowej Smęgorzyno znalazło się w Polsce.
Właścicielami majątku byli wówczas gospodarze o nazwisku Bach. W czasie
drugiej wojny światowej we wsi stacjonowała bateria obrony
przeciwlotniczej. Po zakończeniu wojny majątek został rozparcelowany.
Miejscowość włączono w granice administracyjne miasta w 1973 roku.
Obecnie okolica jest intensywnie zabudowywana domami jednorodzinnymi.